Proiectul va avea cu siguranţă întârzieri mari deoarece autorităţile de la Bruxelles şi reprezentanţii Gazprom, care controlează gazoductul, nu au ajuns la o soluţie cu privire la intenţia grupului rus de a fi unicul distribuitor prin South Stream în pofida lobbyului puternic făcut de alte companii implicate în proiect, cum ar fi grupul italian Eni.
Analiştii sunt îngrijoraţi şi cu privire la raţionamentul comercial al proiectului. Încă din 2012, de când a început construcţia gazoductului, implementarea proiectului a fost justificată mai mult prin motive politice decât prin motive economice, cererea de gaze naturale în Europa fiind încetinită în mare parte din cauza orientării către energie regenerabilă şi a cărbunelui ieftin importat din SUA. În aceste condiţii, dacă Bruxellesul ar suspenda proiectul, i-ar face o favoare grupului rus, care ar fi forţat să acţioneze într-un mod mult mai comercial şi să renunţe la planurile sale costisitoare pentru o muncă în zadar. Gazprom ar putea apela la o alternativă deja existentă, sistemul de tranzit al gazelor din Ucraina, şi ar putea să-şi redirecţioneze fondurile către proiecte mult mai urgente, cum ar fi cele de infrastructură şi dezvoltarea unei conducte pentru exportul gazelor în China. Gazprom este investigat de Comisia Europeană (CE), fiind suspectat că obstrucţionează concurenţa pe pieţele de gaze naturale din Europa Centrală şi de Est.
Moscova a fost acuzată timp îndelungat de Occident că îşi foloseşte exporturile energetice ca pe o armă politică, iar cum proiectul South Stream este acum blocat în hăţişurile birocratice europene, Rusia primeşte o doză din propriul medicament. În urma disputelor cu privire la preţul gazelor naturale cu Kievul din 2006 şi 2009, care au dus la întreruperea aprovizionării cu gaze a câtorva state europene, Gazprom a încercat să-şi reducă dependenţa faţă de infrastructura ucraineană, prin care curg jumătate din gazele ruseşti destinate Europei. Apartent, South Stream este soluţia aleasă.
Majoritatea oficialităţilor de la Bruxelles se temeau, chiar şi înainte ca Rusia să anexeze Crimeea, fost teritoriu ucrainean, că noul proiect va cimenta dominaţia Gazprom pe piaţa europeană. În aceste condiţii, CE a insistat ca la South Stream să le fie permis accesul şi altor furnizori de gaze naturale deoarece gazoductele nu pot aparţine grupurilor care se ocupă atât cu extracţia gazelor naturale cât şi cu livrarea acestora. Încercările de a găsi o soluţie au eşuat, iar Bruxelles a forţat Bulgaria să îngheţe construcţia gazoductului pe teritoriul ţării.
În noiembrie 2005 preşedintele rus Vladimir Putin a participat la inaugurarea gazoductului Blue Stream, care livrează gaze ruseşti Turciei traversând Marea Neagră, şi a anunţat că deschiderea gazoductului este “doar începutul”. Liderul rus avea în minte proiectul South Stream, unul mult mai ambiţios. Încă de la izbucnirea crizei din Ucraina, South Stream a devenit un simbol al înăspririi atitudinilor Moscovei şi Bruxelles-ului. Relaţiile prudente şi fragile dintre Occident şi Rusia au fost înlocuite de sancţiuni şi contrasancţiuni şi îngheţări de active.
