A fost cel mai longeviv membru al conducerii executive a BNR după Mugur Isărescu, obţinând primul mandat de viceguvernator în 1998. Când a intrat în board era cel mai tânăr membru al consiliului de administraţie al BNR, la 34 de ani. A avut trei mandate consecutive în poziţia de viceguvernator al băncii centrale. A fost responsabil cu politica monetară şi relaţiile internaţionale ale BNR. În 2005 a introdus strategia de ţintire a inflaţiei care presupune asumarea periodică de către BNR a unor obiective anuale de scădere a inflaţiei şi capacitatea instituţiei de a face piaţa să creadă în atingerea obiectivelor respective. Implementarea noii strategii a fost destul de controversată, iar BNR şi-a ratat ţintele în mai mulţi ani. Fără a avea o afiliere politică foarte vizibilă, Cristian Popa s-a bucurat de-a lungul mandatelor de sprijinul PD (PDL) şi PSD. În 2011 numele său a fost vehiculat drept potenţial candidat pentru poziţia de premier independent, având ceva discuţii cu preşedintele Băsescu. Preferă stilul de tehnocrat, obişnuind să folosească un limbaj de specialitate puţin accesibil publicului larg. A avut, în schimb, mult succes în contactele internaţionale, inclusiv datorită fluenţei deosebite în limbile engleză şi franceză, şi a petrecut o bună parte a timpului în străinătate. La începutul anilor ’90 a făcut parte din Departamentul de reformă în guvernul Văcăroiu, unde ministru era Mişu Negriţoiu, actualmente şeful ASF. De-a lungul timpului a beneficiat de sprijinul lui Petre Roman şi Traian Băsescu – când PD a fost la guvernare în perioada CDR şi al lui Adrian Năstase pe perioada când acesta era premier. Tatăl lui Cristian Popa a fost diplomat de carieră.
